En la actual ciudad de Puno, existen prospecciones arqueológicas como Huajsapata, Punanave, Pirhuapirhuani, Azoguini, Pataspata, Esteves, Chullun-quiani, Espinar, demuestra una ocupación temprana a la ocupación Tiwanacu.
El origen del Imperio de los Incas, está envuelto de leyendas y relatos mitológicos que hacen imposible determinar con exactitud la veracidad de los hechos, período de oscuridad histórica que se extiende hasta los primeros Incas, por lo que resulta muy difícil establecer en que momento quedo la región de Puno incorporada efectivamente al Imperio y cuáles fueron los Incas que incursionaron en la región para someterla.

Se cree que cuando se inició la expansión del Tahuantinsuyo las tribus del Altiplano habían formado pequeños reinos que mantenían enconadas luchas entre sí, demostrando un espíritu bravío que se mantuvo aún después de haber sido sometidos al gobierno del Imperio.

Según Inca Garcilaso de la Vega, fue Mayta Capac el primero en intentar la conquista de la región tratando de someter a los Collas, con los que llego a un acuerdo amistoso ante las dificultades de doblegarlos militarmente.
Se afirma también que el primero en extender hasta allá el dominio imperial fue Lloque Yupanqui, al que se le atribuyó la construcción de la fortaleza de Pucará y que Mayta Cápac continuó su campaña llegando hasta el Tiahuanaco.
Al dividirse el Imperio en cuatro suyos, el Altiplano formo el Collasuyo, región que mantuvo en constante atención a los Incas por el carácter rebelde y levantisco de sus habitantes.

Los Incas vieron siempre la conveniencia de mantener allí la eficacia de la administración imperial, por la gran riqueza minera de la región y sus criaderos de llamas y otros auquénidos de donde procedía la mayor producción de la lana para las necesidades del vestido.

Grande fue la potencialidad económica que llego a adquirir la región de Puno cuando se produjo la llegada de los españoles y ello explica el poder que tenían muchos de los curacas de las tribus más importantes, los que se dice reaccionaron descontentos al enterarse de la destrucción del poder imperial.

Según algunos relatos de la época hubo un anciano descendiente de curacas Huancas que decidió proclamarse monarca con el nombre de Huancané, para vengar la muerte de Atahualpa, pero murió sin ver realizados sus propósitos.
En el Cusco se enteraron los conquistadores de la riqueza minera de Puno y de los muchos bienes que poseían los curacas de esa provincia, cuyos pueblos conocieron pronto la codicia de los invasores y sufrieron los estragos de la implacable búsqueda de tesoros.

Francisco Pizarro y un numeroso grupo de soldados pasaron al otro lado del lago y llegaron hasta la región de los Charcas, de donde regresaron entusiasmados por el botín que recogieron.

Las crónicas citan a Diego de Agüero y Pedro Martínez Monguer como los primeros españoles que llegaron al Collao, pero no se sabe a ciencia cierta quienes fueron los primeros en descubrir el lago más alto del mundo.
En 1532 llegan los nuevos patrones culturales que se buscan imponer a las culturas nativas, En el altiplano y rodeando al sagrado Titikaka, se instalan Dominicos y Jesuitas, quienes levantan Tempos con estilos europeos, pero con piedras talladas por manos nativas, a las que acudirían los naturales del lugar y los españoles, porque los templos también se levantaron para ambos. En 1534 llegó el dominico Fray Tomas San Martín e inicio la obra de conversión de los indígenas, recorriendo las orillas del lago para formas nuevas poblaciones sobre los restos de los que habían dejado los conquistadores en ruinas. Otros sacerdotes los secundaron al poco tiempo a su tarea y así se iniciaron las parroquias de Paukarkolla, Chucuito, Acora, Ilave, Juli, Pomata, Zepita y muchas otras en las que se levantaron los magníficos templos de piedra que aún subsisten, considerados como joyas de la arquitectura colonial.

En 1546, la actual ciudad de Puno, era una aldea. Entre 1578 y 1583 fue un reparto del Corregimiento de Paukarkolla.

En las luchas que siguieron a los años iniciales de la ocupación del territorio por los españoles, las huestes de capitanes leales y rebeldes cruzaron muchas veces los campos de Puno.

Hasta allí llevaron sus correrías Francisco de Carbajal y otros capitanes de la conquista en Huarina, cerca del lago Titicaca, fue vencido Centeno por Gonzalo Pizarro en último esfuerzo por recuperar el terreno perdido ante el ímpetu de la Gasca.

Los historiadores y Comentaristas del pasado Puneño han cambiado la aseveración de que la capital de este Departamento fue fundada por el Virrey Conde de Lemus cuando fue a sofocar los disturbios de Laykakota.

Las famosas minas de Laykakota fueron descubiertas y explotadas en 1657 por los hermanos Gaspar y José Salcedo, que en poco tiempo se convirtieron en los hombres más adinerados. Se llegó a decir que la riqueza de Laykakota no era igualada en América por la cantidad de plata que se podía extraer finalmente de los mencionados yacimientos.

Aunque se les tenía por hombres generosos y desprendidos, la actitud autoritaria, su ambición por ganar posiciones sociales y políticas; y su menosprecio por personas que se consideraban importantes, originó malestar y descontento contra ellos.

Según afirman algunos, los hermanos Salcedo fundaron la ciudad de Puno a la usanza española, con el nombre de San Juan Bautista, cuando descubrieron las minas de Laykakota en mayo de 1657.

No existe acta, ni documento que compruebe la fundación de Puno, pero es evidente, según han señalado varios autores, que al lado de las minas de Laykakota se formó otra población que adquirió gran importancia, llamada San Luis de Alba, que llegó según algunos a tener
hasta 10 000 habitantes y que fue designada capital de la provincia de Paucarcolla que así se llamaba entonces Puno.

El descontento de algunos sectores de esta población contra los hermanos Salcedo originó el recrudecimiento de una tradicional rivalidad entre andaluces y vascongados, momentáneamente aplacada cuando los españoles se vieron obligados a unirse para defenderse de la rebelión indígena iniciada en la Paz en 1661; en el curso de la cual los rebeldes asaltaron y saquearon Laykakota, San Juan Bautista y otras poblaciones.
Pero restablecida la autoridad de los españoles se acentuó la división entre ellos, generándose los graves disturbios que se iniciaron en 1665, siendo Virrey el Conde de Santisteban, quien designó Gobernador al Conde Ángel de Peredo, que perdió la vida en los sangrientos sucesos, así como otras personas de la localidad, entre ellas un jesuita, lo que contribuyó a aumentar entre los grupos rivales.

Este fue uno de los graves asuntos que encontró el Conde de Lemus al hacerse cargo del Virreinato por lo que decidió viajar a Puno. Drásticamente puso fin al caos, mandando a ejecutar a José Salcedo y otros protagonistas de los sucesos.

El Virrey mandó destruir la ciudad de Laykakota o sea San Luis de Alva y ordenó que la capital se trasladara a San Juan Bautista de Puno, dándole el nombre de Villa, con los nombres de Concepción y San Carlos de Puno. Este hecho originó la creencia de que el Conde de Lemus había fundado la ciudad.
Se afirma que cuando el Virrey llegó a Puno, ya existía una población con sus calles, la Capilla San Juan Bautista para indígenas, la Concepción para españoles y mestizos, sobre la que después se edificó la Catedral. En la actualidad existe la casa en que se alojó el Virrey, conocida como la casa de Conde de Lemus.

Como se observa por los párrafos antes relatados, sobre la fundación de Puno, existe controversias históricas y seguirá en debate tal hecho histórico en tanto no se encuentre el acta o documento de fundación.
Según la tradición señala como fecha de fundación el 4 de Noviembre de 1668. Por bando del 3 de Noviembre del citado año, Puno fue elevado a rango de Villa con el nombre de San Carlos Borromeo de Puno, en Homenaje al Rey Carlos II y a San Carlos Borromeo. El 4 de Noviembre de 1668, se oficializa el hecho con una misa solemne celebrada en la Capilla de la Inmaculada Concepción. Es así que dicha aldea sufre una modificación considerable a consecuencia del traslado de la población de Laykakota por efecto de enfrentamiento entre mineros españoles.

Al crearse el Virreinato de la Plata por Cédula Real del 1º de Agosto de 1776, se incorporó a él la Audiencia de Charcas, dentro de la que estaba incluido Puno. Pero en 1776 Puno, convertido en Intendencia, fue reincorporado al Perú en atención a las dificultades que había en las comunicaciones con Río de la Plata.

La Villa de San Carlos de Puno se desarrolló rápidamente y pronto sus pobladores, que habían combatido la rebelión de don José Gabriel Condorcanqui, solicitaron mercedes y privilegios para su ciudad. La corona le concedió el título de Fiel ciudad de San Carlos de Puno, en tiempos del Virrey don Agustín de Jáuregui.

En los años de la Independencia, una ola de inquietud conmovió el departamento, que fue punto obligado de contacto entre los rebeldes patriotas del Perú y los del Río de la Plata, y una y otra vez las huestes libertadoras cruzaron su territorio.

Entre los notables sucesos de los primeros años de la República, se recuerda la visita de Simón Bolívar en 1825, cuando José Domingo Choquehuanca, pronunció en Pucará la más grande loa que se ha hecho al libertador: “Con los años crecerá vuestra gloria, como crece la sombra cuando el sol declina”
En 1827, José de Santa Cruz estaba en vías de convertirse en presidente de Bolivia y abrigaba la idea de fusionar su país con el nuestro. Para servir a este propósito, fundo en Puno una logia masónica en la que pretendía reunir a los hombres de ambos países que secundaran sus planes.

En los años iniciales de la República, Puno se convierte en campo de acción de las rencillas de políticos peruanos y bolivianos que durante años mantuvieron la región en estado de intranquilidad, sucesos que culminaron con la batalla de Ingavi, en la cual los bolivianos invadieron el sur del Perú.

Puno sufrió verdaderos destrozos en sus poblaciones que quedaron indefensas ante los desmanes de los bolivianos, que se extendieron hasta Tacna y Moquegua. Esta situación terminó con el tratado de Puno, suscrito el 7 de Junio de 1842, aceptando los bolivianos retirarse del territorio nacional.

La historia recuerda dos brotes separatistas surgidas en Puno. El primero fue la propuesta de Francis Carrascón y Solá a la Corona de España para formar un nuevo Virreinato con Puno como capital, teniendo en consideración la importancia que por sus riquezas mineras había adquirido el Altiplano.
Más tarde, él en la República, el Prefecto Benito Lazo Trató de organizar una reunión en Lampa con los prefectos del Cusco y Arequipa como un intento para constituir un nuevo estado con los departamentos del sur, pero no le prestaron acogida.

La navegación en el lago Titicaca, hecha en botes de totora desde hace muchos siglos, vio las primeras embarcaciones a vapor en 1871, cuando se armaron allí los vapores Yavarí y Yapurá, transportados a lomo de bestia desde Arica.

Los españoles habían llevado los primeros bajeles de madera en 1617.

Desde hace poco los lugareños comenzaron a utilizar embarcaciones con motores dentro y fuera de borda.